Flatpak提供了多种方式分发应用给用户。对大多数应用来说，最方便最高效的方法是使用 Flathub , 它为Flatpak应用提供了一个大型中心化的仓库。
除此以外，也可以自己托管仓库或者使用单文件分发Flatpak应用。